我公司建了一沿街楼,实际金额为100万元。但因对方做的质量有些地方不符合原定合同要求,最后付款时,公司扣了几处不符合要求的工程款,但对方已建筑业开票100万元给我公司,我公司出了证明扣款原因给对方公司入帐,那么我公司现怎么入帐？

对于扣除质量问题的款,可以记入“营业外收入”科目。即：

借：固定资产 100万
贷：营业外收入
贷：银行存款 （100万-扣款）